LoadLevelAdditiveAsyncで追加ロードしたSceneのNavMeshは消えるっぽい。

らしい。(Unity 4.3.4f1固有の問題かも）

配信中の「CardBoard Cat EP」は、ステージデータを単一のSceneにしておいて、LoadLevelAdditiveAsyncで読み替えをする仕組みを撮っていました。

で、NavMeshを載せたSceneを追加読込した時にメッシュが消える問題が発生。
結局、ステージ以外のコンポーネント全てにDon't Destroyをつけて、LoadLevelAsyncでステージのシーンを読むようにしたら治りました。

新しいバージョンでは何らか別の方法ができているかもしれませんが、PSM勢はお気をつけください。

参考：Problem with NavMesh and Asynchronous load